Ich habe das selbe Problem.
Ich starte den Server mit dem Modpack FTB Inventions, alles sieht gut aus, ich logge mich ein, logge mich aus... und -schwupps- ist der Server wieder offline. Auch unabhängig davon, ob sich jemand einloggt, fährt sich der Server nach einem Moment immer wieder herunter.
Update: Es scheint, dass das bei mir nur ganz normales Serververhalten ist, da der Server sich nach einer gewissen Zeit wieder herunterfährt, wenn niemand online ist. Stimmt das so?