subir una copia a un servidor

buenas, yo tengo un servidor vainilla con un progreso considerable, y lo queria era instalar mods o shaders pero para hacer eso necesito cambiar el software del servidor y si lo hago pierdo todo, entonces cree un nuevo servidor ya con el software para los mods etc. y subi una copia de seguridad de mi mundo pero el problema es que copia todo osea copia el software de vainilla y es como que si hiciera una copia exactamente igual y no se como hacer para resolver este problema, entonces esperaba su ayuda para resolverlo